从2003年开始，本着多方筹资，农民自愿参加的原则，新型农村合作医疗的试点地区正在不断的增加，截至2004年12月，全国共有310个县参加了新型农村合作医疗，有1945万户，6899万农民参合，参合率达到了72.6%。

2012年起，各级财政对新农合的补助标准从每人每年200元提高到每人每年240元。其中，原有200元部分，中央财政继续按照原有补助标准给予补助，新增40元部分，中央财政对西部地区补助80%，对中部地区补助60%，对东部地区按一定比例补助。农民个人缴费原则上提高到每人每年60元，有困难的地区，个人缴费部分可分两年到位。个人筹资水平提高后，各地要加大医疗救助工作力度，资助符合条件的困难群众参合。新生儿出生当年，随父母自动获取参合资格并享受新农合待遇，自第二年起按规定缴纳参合费用。

部份特殊疾病报销比例

（一）儿童（14周岁以下）白血病（儿童急性粒细胞白血病、急性淋巴细胞白血病）、先天性心脏病（房、室间隔缺损，动脉导管未闭，肺动脉瓣狭窄）。在黔西南州内定点医院（三级以上）住院治疗，医药费用实行定额补助，免费治疗。经审核同意转院至黔西南州外公立医院（三级以上）所发生的医疗费用，按90%的比例报销。

（二）宫颈癌、乳腺癌。在黔西南州内定点医院（三级以上）住院治疗，医药费用实行定额补助，免费治疗。经审核同意转院至黔西南州外公立医院（三级以上）所发生的医疗费用，按90%的比例报销。

（三）慢性肾功能衰竭。治疗慢性肾功能衰竭（含门诊透析治疗），在黔西南州内定点医疗机构按90%的比例报销。经审核同意转院至黔西南州外公立医院（三级以上）所发生的医疗费用，按80%的比例报销。

（四）白内障。参保白内障患者实施复明术，城乡医疗保险 基金给予定点医疗机构定额补助，每例（单侧）患者1600元，医院不得再收取其它费用，如患者要求提高晶体标准，超出部分由患者自付，并填写申请书，患者签名备查。白内障患者实施复明术先执行项目规定的定额补助政策，不足部分再由城乡医疗基金给予补偿。

新型农村合作医疗实践中的案例

新型农村合作医疗的就诊患者，是完全自费后拿着医院开具的发票去所在辖区政府机关申请报销的。拿北京的特殊病患者为例。各个区县报销比例不同。比如同样的癌症患者顺义地区病人的报销能达到55%延庆怀柔的比例更高，而门头沟的只能享受40%的报销比例。但是这40%并不是申请了特殊病都给报的。比如放疗收据中只有小部分是西药其他是摄影及其他费用，这样下来比如10万元的放疗费用在门头沟能报销的只有不到3万元而在延庆可以达到7万元。另外癌症患者常年要吃中草药，门头沟的合作医疗中草药里没有放化疗成分是一分都不报的。而医保卡病人吃中药也能报。